Các thách thức trong công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân hiện nay đó là: tình trạng chênh lệch về các chỉ số sức khỏe cơ bản giữa thành thị và nông thôn, giữa các khu vực và các nhóm đối tượng trong những năm gần đây vẫn chưa được cải thiện nhiều. Tỷ lệ suy dinh dưỡng trẻ em thể nhẹ cân đã giảm nhanh song tỷ lệ suy dinh dưỡng thể thấp còi vẫn còn ở mức cao. Trong khi đó, tỷ lệ béo phì ở trẻ em dưới năm tuổi đang tăng nhanh trong những năm gần đây. Đáng chú ý, hiện nay, gánh nặng do các bệnh lây nhiễm (sốt rét, sốt xuất huyết, tay chân miệng…) vẫn ở mức cao, ngày càng khó kiểm soát thì sự xuất hiện các dịch bệnh mới nổi, trong đó chủ yếu là các bệnh lây truyền từ động vật sang người như: H5N6, H7N9, Mers-CoV, Ebola, hiện nay là đại dịch Covid-19… là một thách thức lớn đối với YTDP. Sự thay đổi cơ cấu gánh nặng bệnh tật, tử vong với sự gia tăng tỷ lệ các bệnh không lây nhiễm không chỉ gây nên gánh nặng về bệnh tật và kinh tế cho cả bản thân người bệnh và gia đình mà còn tạo nên gánh nặng cho hệ thống y tế cũng như toàn xã hội. Bệnh không lây nhiễm không chỉ gia tăng ở các quần thể dân cư thành thị có điều kiện kinh tế phát triển mà cả người nghèo ở vùng nông thôn.