Các chốt kiểm soát được chia làm 2 tua trực với khoảng 50 người/tua, bao gồm: lực lượng công an, quân đội, y tế và nhân viên y tế trường học trên địa bàn thị xã. Mỗi tua trực được chia làm 3 ca/ngày (8 giờ/ca), hoạt động liên tục 24/24 giờ tất cả các ngày trong tuần. Các chốt kiểm soát có nhiệm vụ: Hướng dẫn, giải thích cho chủ phương tiện, hành khách, thuyền viên về các biện pháp phòng chống dịch Covid-19 của Bộ Y tế; thực hiện đo thân nhiệt, khai báo y tế, lập danh sách đối với người đến/ở/về từ thành phố Đà Nẵng, tỉnh Quảng Ngãi, Quảng Nam và các vùng dịch theo thông báo của Bộ Y tế; Kiểm tra công tác phòng chống dịch Covid-19 trên các phương tiện giao thông vào thị xã, trên các tàu thuyền khi vào cảng, đảm bảo tất cả hành khách, chủ phương tiện, thuyền viên đeo khẩu trang, phương tiện, tàu thuyền có trang bị dung dịch rửa tay, sát khuẩn; thực hiện phun thuốc khử trùng, tiêu độc đối với một số phương tiện vận tải công cộng trước khi vào thị xã.
Để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, sáng ngày 11/8/2020, tại Trung tâm Y tế thị xã Hoài Nhơnđã tiến hành tập huấn, hướng dẫn chuyên môn cho lực lượng tham gia các chốt kiểm soát với hơn 30 người tham dự, đặc biệt là lực lượng nhân viên y tế về quy trình hỏi, thu thập thông tin để lập tờ khai y tế, phương pháp đo thân nhiệt, cách đeo khẩu trang, rửa tay đúng cách để phòng chống dịch, cách tư vấn, giải thích cho đối tượng nếu gặp trường hợp nghi ngờ cần phải cách ly y tế và những trường hợp về từ vùng dịch cần phải cách ly tập trung. Qua một buổi tập huấn, hầu hết các đối tượng tham dự đều nắm rõ thông tin, có kiến thức để có thể đảm nhận tốt nhiệm vụ trực chốt kiểm soát đã được phân công.